まず １ についてだが、これはエラーメッセージが間違えているので、次のバージョンで修正されるとのこと。

ご指摘ありがとうございます。CaptchaSourceImageBaseについては、管理画面上の表記ミスで、次のバージョンで（表記ミスを）修正します。CaptchaSourceImageBaseが正しい名前であり、フォルダへのパスを設定します。ドキュメントは現在鋭意準備中です。

ということで、きっと4.01で修正されるのだろう。
ドキュメントも準備中とのこと。

次に２について。
自分が MT について理解不足だったこともあった。
我ながら問いかけが冗長なので、要点だけ記す。

インストールマニュアルでスタティックディレクトリを指定する。なので、アップロード先のフォルダ名がデフォルトと変わっていても、指定したスタティックディレクトリをみてそれを反映するのが自然な気がする。
スタティックディレクトリ\images\captcha-source
になるはずだから、
StaticWebPath\images\captcha-source
をデフォルトで見てくれればいいのに。

というようなことを投げた。
それに対する回答はこちら。

CaptchaSourceImageBaseがない場合には、mt-static以下にファイルがあるかどうか
を見に行くようになっています。これはファイルシステム上のパスであり、
StaticWebPathから判断することは難しいので、StaticWebPathを流用することはでき
ません。MT4には、StaticFilePathという、mt-staticをファイルシステム上のパスで
示す設定が別途用意されていますが、CAPTCHAの元となるイメージ画像は公開しない
ように設定する場合も考えられることから、CaptchaSourceImageBaseという設定を
StaticFilePathとは別に用意しています。

この回答を読んでみても、MT を把握できていない自分には良く理解できなかった。
そこで以下のように追加質問。

http://www.movabletype.jp/documentation/
こちらでも掲載されているインストール手順に従えば、captcha用の素材画像は、スタティックディレクトリ\images\captcha-sourceの以下に入ることになると思います。（この場合のスタティックディレクトリとはhttp://www.movabletype.jp/documentation/linux.htmlに書かれているものです）となると標準的には、StaticWebPath\images\captcha-sourceになるのではないのでしょうか？
captcha-sourceは公開しなくてもmtがアクセスできるところにあればいいので、実際のインストール先は変更できるということだとおもうのですが、初めて使う方やシステム的な話に詳しくない一般の方であると、不親切に感じるのではない
でしょうか？

インストールの説明通りにやっているのにcaptcha-sourceがないと言われるということになるのではないかとおもいます。

mt-configで設定できることのドキュメントの不備だからと片付けることもできますが、インストールマニュアルから考えると、インストールマニュアルに書かれているのとは違う構成でアップされることが前提なように感じます。

これに対する回答。

おっしゃるとおり、既定ではmt-static下の
images\captcha-sourceがその場所です。しかし、
StaticWebPath\images\captcha-sourceでその場所を指すことはできません。これを
展開すると、http://domain/dir/mt-static/\images\captcha-source   となるから
です。StaticWebPathとはWebから見るためのパスですが、CAPTCHAの生成に必要なの
はC:\....\a.pngや/home/user/www/.../a.pngのようなファイルシステムのパスで
す。CAPTCHAのコードでは、StaticWebPathは参考にはできません。

StaticWebPath は、URLの絶対パスとして展開されるということらしい。
たしかにそれでは自分が言ってることはダメだ。
ということで、まぁ現状の動作については一応納得した。

また、以下のようにも書いた。

コードを追いかけていないので、どのような処理になっているかわかりませんが、CaptchaSourceImageBaseが指定されていない場合は、
スタティックディレクトリ\images\captcha-source
を見に行くというのが、インストールマニュアルからすると自然な動作に思えてなりません。

初心者ながら、スタティックディレクトリを変更することは、インストールマニュアルの「ファイルのアップロード」をみても
特殊ではなく一般的なことだと定義されているように思え、必要なPerlモジュールを用意し、インストールマニュアルに従ってアップすれば、captchaが動作するというのが自然かなと思いました。

そのため、インストールマニュアルなどのドキュメントと、実際の動作に（思想的な部分かもしれませんが）乖離があるように思っています。

これについての回答ということになるとおもうが、以下のように返答いただいた。

ファイルシステムのパスを示すものとして、MT4ではStaticFilePathを指定することができますが、これはドキュメントなどで設定を必須としているものではありません。そのためこれが設定されていることを前提にすることは、mt-staticディレクトリを指定することと大差ないと考えられます。ただし、StaticFilePathを試してみることは、将来のバージョンでの対応を検討しています。

これは、CaptchaSourceImageBase が設定されていなければ、StaticFilePath が設定されていないかチェックするということなんだろう。
また、あわせて以下のようにも回答いただいている。

管理画面のメッセージに不備があるために混乱を招いているのは認識しています。あのメッセージが正しく設定値を示すようになれば、多くの場合で正しい設定を簡単にしていただけるものと考えております。

これについては、再度返信し、メッセージだけ表示されても誤解は減るが、設定方法はわからないとおもうので、可能な限り早く mt-config に関するマニュアルを用意してほしいという要望も伝えた。
エラーメッセージの修正と、マニュアルで何とかなるかなとはおもう。
ただ、エラーメッセージに、「mt-config に」という言葉が追加されるとより親切かなと今思った。
（ので、今、メールしておいた）


このようなレポートにも丁寧に対応していただいた開発チームの吉松さんには頭が下がるばかりです。

なお、レポートのやりとりの公開は吉松さんからは、積極的に公開してもらってかまわないという旨のお話をいただきました。
他の方の一助になれば幸いです。