wabapp/lib/OpenPNE/Img.php の369～371行目は以下のようになっている。

$output_gdimg = imagecreatetruecolor($o_width, $o_height);
imagecopyresampled($output_gdimg, $source_gdimg,
        0, 0, 0, 0, $o_width, $o_height, $s_width, $s_height);

これを以下のように書き換える

$output_gdimg = imagecreatetruecolor( $o_width, $o_height );

if( ($this->output_format=='gif' ) || ($this->output_format=='png') )
{
    $trnprt_idx_s = imagecolortransparent( $source_gdimg );
    if( $trnprt_idx_s >= 0){
        imagetruecolortopalette($output_gdimg, true, 256);
        $trnprt_color = imagecolorsforindex( $source_gdimg, $trnprt_idx_s );
        imagecolorset( $source_gdimg, 0, $trnprt_color['red'], $trnprt_color['green'],$trnprt_color['blue']);
        imagefill( $output_gdimg, 0, 0, 0 );
        imagecolortransparent( $output_gdimg, 0);
    }else
    if( $this->$this->output_format == 'png' )
    {
        imagealphablending($output_gdimg, false);
        $color = imagecolorallocatealpha($output_gdimg, 0, 0, 0, 127 );
        imagefill($output_gdimg,0, 0, $color);
        imagesavealpha($output_gdimg, true);
    }
}

imagecopyresampled($output_gdimg, $source_gdimg,
        0, 0, 0, 0, $o_width, $o_height, $s_width, $s_height);

やっていることは、以下の通り。

• GIFかPNGかどうか調べる
• 透過色が設定されているかどうか調べる
• 新画像を256色パレットモードにする
• 元画像の透過色に設定されている色（RGB）を取得
• 新画像に上記色を作成
• 作成した色で画像を塗りつぶす
• 作成した色を透過色に設定する

２番目の処理で設定されていない場合のPNGはPNG-24かもしれないので、そのための処理をelseで行っている。

• アルファブレンディングモードをOFFにする
• 透過色を作る
• 透過色で塗りつぶす
• アルファチャンネルで塗りつぶす

256色パレットモードにしない場合、なぜか透過色の設定がうまくいかなかった。

imagecreatetruecolorで作ったままの画像をみたのだけど、RGBが同じ数値の色がインデックスの０と１に設定されている。
つまり色は同じなんだけどパレットが異なるものがあるということに。
そのせいで透過色に設定すると使われていない方のパレットインデックスが透過色に設定されてしまうのです。

とりあえず256色モードにするとなぜかこれが解決された。
GDの元のソース自体を見てみないといかんかな？と思っているのだけど。
サムネイル画像がぶっこわれるのは回避できているので、とりあえず良しとする。

webapp/lib/util/image.php にある画像リサイズ関数には上記のような透過色設定する処理が書かれている。

この処理が足りない件は、バグとして報告してある。