webapp/lib/OpenPNE/Img.php の 275行目あたりから以下の部分に置き換え （2.12.1の場合の行数です。2.10系のときも似たような箇所があるので置き換えてください）

if ($trnprt_idx_s >= 0) { // 透過色が設定されている
	// truecolor イメージを (256色)パレットイメージに変換
    imagetruecolortopalette($output_gdimg, true, 256);

    // 入力画像から透明色に指定してある色（RGBの配列）を取得する
    $trnprt_color = imagecolorsforindex($source_gdimg, $trnprt_idx_s);

	// 色の設定
	$trnprt_idx_s = imagecolorallocate($output_gdimg,$trnprt_color['red'], $trnprt_color['green'], $trnprt_color['blue']);

    // 透明色（にする色）で塗りつぶす
    imagefill($output_gdimg, 0, 0, $trnprt_idx_s );

    // 透明色設定
    imagecolortransparent($output_gdimg, $trnprt_idx_s);

} elseif ($this->output_format == 'png') {  // PNG-24

開発サイドにも報告してあるので、そのうち取り込まれると思います

なお、画像関係ではほかにもバグを見つけており、現在追跡調査中。はっきりわかり、修正内容がはっきりしたらここでも報告予定